Rektorer 1488-1532
I 1488 gik man over til helårlige rektorater. Det fortsatte til universitetet i begyndelsen af 1530'erne ophørte med at fungere under reformationsurolighederne og borgerkrigen Grevens Fejde (1534-36).
| 1488-89 | Skotte, Peder David |
| 1489-90 | Lauridsen, Arnold |
| 1490-91 | Hvid, Jørgen |
| 1491-92 | Albertsen, Peder |
| 1492-93 | Rosenkrantz, Erik Nielsen |
| 1493-94 | Hvid, Jørgen |
| 1494-95 | Skotte, Peder David |
| 1495-96 | Rosenkrantz, Erik Nielsen |
| 1496-97 | Hvid, Jørgen (dør i rektoratet) |
| 1496-97 | Rosenkrantz, Erik Nielsen |
| 1497-99 | Albertsen, Hans |
| 1499-1500 | Skotte, Peder David |
| 1500-01 | Friis, Anders |
| 1501-02 | Rosenkrantz, Erik Nielsen |
| 1502-03 | Andersen, Paul |
| 1503-04 | Skotte, Peder David |
| 1504-05 | Friis, Anders |
| 1505-07 | Petersen, Peter |
| 1507-08 | Luche, Johannes |
| 1508-09 | Reff, Poul |
| 1509-10 | Skotte, Peder David |
| 1510-11 | Pedersen, Matthias |
| 1511-13 | Friis, Anders |
| 1513-14 | Smyther, Ditlev |
| 1514-15 | Albertsen, Peder |
| 1515-16 | Friis, Anders |
| 1516-17 | Valkendorf, Knud |
| 1517-18 | Kinghorn, Alexander |
| 1518-19 | Ravensberg, Christoffer Jacobsen |
| 1519-20 | Andersen, Paul |
| 1520-21 | Amelungsen, Amelung (nedlagde rektoratet) |
| 1520-21 | Andersen, Paul |
| 1521-22 | Lunge, Vincentz |
| 1522-24 | Morsing, Christen Torkelsen |
| 1524-25 | Smyther, Ditlev |
| 1525-26 | Ravensberg, Christoffer Jacobsen |
| 1526-29 | Rosengaard, Claus |
| 1529-31 | Urne, Claus |
| 1531-32 | Svave, Peder |