Museer og samlinger
Museer som vi kender dem, som institutioner, der systematisk indsamler, registrerer, opbevarer og udstiller genstande m.v. inden for forskellige områder, opstår i deres nuværende form først i det 18. og 19. århundrede. Men etableringen af samlinger går naturligvis meget længere tilbage, egentlig helt til antikken. I Europa var det i nyere tid først og fremmest kirken og de europæiske fyrster, der opbyggede samlinger, men der er tillige mange eksempler på samlinger etableret at adelen og velstående borgere. Et fælles træk ved de fleste sådanne samlinger var den manglende systematik, samlingerne var opbygget af hvad der var smukt, sjældent, eksotisk eller på anden måde i besiddelse af kvaliteter, der gjorde den pågældende genstand værd at samle på.
Universitetets ældste museer og samlinger
Også Københavns Universitet har igennem næsten hele sin levetid opbygget museale samlinger. Det ældste var Museum Academicum, der bedst kan betegnes som et rarietetskammer, som blev opbevaret i det gamle Universitetsbibliotek, til det i 1644 flyttede til det nye Domus Anatomica med Theatrum Anatomicum, der lige som det nye observatorium på Rundetårn var en af de bygninger, der under Christian IV blev opført til brug til brug for de fremstormende naturvidenskaber. Domus Anatomica og med det Museum Academicum gik til grunde under Københavns brand i 1728.
En væsentlig faktor i opbygningen af Universitetets museer har igennem tiderne været gaver fra private af såvel genstande som betydelige økonomiske midler. I det 17. århundrede skal nævnes Henrik, Didrik og Thomas Fiuren, der i årene efter 1660 på forskellig vis betænkte universitetet med sådanne gaver.
Moderne museer
I det 18. århundrede blev der anlagt forskellige samlinger, de fleste inden for medicinen og dens hjælpevidenskaber, hvoraf en del gik til grunde under bombardementet af København i 1807. Derfor tager Universitetets moderne museale virksomhed i sin begyndelse i det 19. århundrede.
De medicinske museer
I 1842 blev Det Medicinske Fakultet og det hidtil selvstændige Kirurgisk Akademi i Bredgade lagt sammen. Dette muliggjorde oprettelsen af flere museer, et normal-anatomisk og et patologisk-anatomisk, der fik til huse i bygningen i Bredgade, hertil kom ved køb af en privat samling et museum for fysiologi og sammenlignende anatomi, der blev placeret på Frue Plads. Disse og nogle mindre samlinger, der alle primært havde sigte mod den lægevidenskabelige forskning og undervisning, findes i nutiden videreført i de mange studiesamlinger m.v. under Det Sundhedsvidenskabelige Fakultet.
I 1906 blev Medicinsk-Historisk Museum oprettet som en privat institution. Det blev i 1917 overtaget af Universitetet, hvor det fra 1929 fik gode betingelser i det tidligere Fysiologiske Institut i Fredericiagade 18, under ledelse af en professor i medicinens historie.
De naturvidenskabelige museer
I 1771 overtog Københavns Universitet Naturaliekabinettet, og erhvervede på denne måde et samlet naturhistorisk museum. Naturaliekabinettet var blevet oprettet på Charlottenborg af overhofmarskal Adam Gottlob Molkte, den faktiske leder af den danske regering. Hans søn, geheimestatsminister Joachim Godske Molkte forøgede med store gaver samlingen, og sikrede med betydelige økonomiske tilskud museets drift.
Denne lidt specielle baggrund for opbygningen af et moderne naturvidenskabeligt museumsvæsen ved Universitetet forklarer navnene på de to museer, der udkrystaliseredes af Naturaliekabinettet, nemlig Grev Molktes Universitetet tilhørende mineralogiske Museum, i dag Geologisk Museum, og Det forenede grevelig Moltke´ske Universitetet tilhørende zoologisk Museum og det kgl. Naturhistoriske Museums zoologiske Afdeling, i dag Zoologisk Museum.
Byggerier på Øster Vold
En videre bygningsmæssig aktivitet for naturvidenskaberne blev mulig, efter at Universitetet i årene efter 1860 overtog en den del af det gamle voldterræn, der ligger mellem Gothersgade og Sølvgade. Foruden anlægget af en ny Botanisk Have, blev der frem til århundredskiftet rundt om haven bygget et astronomisk observatorium, et kemisk og et botanisk laboratorium, en ny polyteknisk læreanstalt samt et botanisk og et mineralogisk Museum, hvormed opsplitningen af det gamle Naturaliekabinet var fuldendt.
Statens Naturhistoriske Museum
I 2004 blev Universitetets naturhistoriske museer og samlinger organiseret som Statens Naturhistoriske Museum (SNM), med den funktion at være det danske naturvidenskabelige hovedmuseum, eller nationalmuseum, om man vil.
I SNM indgår Botanisk Have, Botanisk Museum Botanisk Centralbibliotek, Geologisk Museum og Zoologisk Museum. Statens Naturhistoriske Museum er et institut under Københavns Universitets naturvidenskabelige fakultet og deltager ved siden af den museale virksomhed i universitetets forskning og undervisning. SNM-museernes store samlinger af botaniske, zoologiske og geologiske genstande fra hele verden, udgør i alt ca. 20 mio. levende planter, herbarieark, insekter på nål, skeletter, dyr og planter i sprit, fossiler, mineraler, meteoritter, bjergarter m.m. Samlingerne danner basis for en omfattende forskningsvirksomhed. Forskningen er koncentreret om fire kerneområder: Jordens geologiske opbygning, livets opståen og udvikling, levende organismers mangfoldighed og bevarelse af naturens mangfoldighed.