Reformationen i 1536

Reformationen i Danmark 1536 fik afgørende betydning for Københavns Universitet. Det blev reorganiseret, fik tillagt betydelige faste indtægter, og der blev oprettet et antal permanente lærestole. I universitetsfundatsen fra 1537 blev universitetets rolle klart defineret: Fra at have været en lille brik i en altomfattende europæisk kirke, blev det nu universitetets vigtigste opgave at være det ideologiske kraftcenter i den nye dansk-norske lutherske statskirke og det sted, hvor kirkens præster blev uddannet.

Reformationen
Efter Frederik I's død i 1533 fik Sjællands biskop Joachim Rønnow gennemført en proces imod den ledende lutherske prædikant Hans Tausen, som blev forvist fra Sjælland og Skåne, underkastet streng censur og prædikerforbud Detet gav anledning til betydelige optøjer i København, rettet mod biskoppen. Billedet viser det dramatiske højdepunkt, hvor Hans Tausen for at beskytte biskoppen mod at lide overlast fra de ophidsede borgere må eskortere ham til hans bolig. Maleri fra universitetets festsal af Carl Bloch, efter forlæg af Wilhelm Marstrand i 1876.

Fysisk blev dette markeret ved, at universitetet overtog Sjællands Biskops rummelige residens ved Frue Plads, den nuværende universitetsfirkant, der blev rammen omkring universitetets virksomhed de næste 350 år.

De rigelige økonomiske midler Københavns Universitet modtog fra kongerne Christian III, Frederik III og Christian IV gav det som nævnt ovenfor grundlag for et betydeligt selvstyre, der blev udøvet af Konsistorium som det øverste styrende organ. Her havde i ældre tid alle de normerede professorer sæde, under ledelse af en rektor. Tilsvarende blev de enkelte fakulteter ledet af dekaner. Nye universitetsfundatser i 1732 og 1788 justerede, men ændrede ikke radikalt, rammerne omkring universitetets virksomhed.

Den faglige og økonomiske udvikling efter 1800 førte til, at universitetets økonomi, der hidtil havde været god, stadig blev forværret. Særlig skal nævnes 2 væsentlige faktorer. Den ene var stærkt stigende udgifter til nybyggeri, først efter Københavns bombardement 1807, siden ikke mindst til naturvidenskab. Den anden var, at antallet af lærere steg støt i takt med den faglige udvikling. Og da indtægterne ikke steg i samme takt, måtte Universitetets udgifter i stigende grad dækkes ved anvendelse af universitetets formue, som derfor stort set var spist op i begyndelsen af det 20. århundrede.
Herefter har staten leveret langt størstedelen af det økonomiske grundlag for universitetets virksomhed, om end private fonde og kontrakter med det private erhvervsliv, i løbet af det 20. århundrede er kommet til at spille en stadig større rolle.

Det stigende antal lærere gjorde det fra 1817 nødvendigt at indføre valg af repræsentanter til Konsistorium m.v., men grundlæggende forblev den styreform, der var grundlagt efter 1536, i kraft til 1970.