Grundlæggelsen af en akademisk republik (1479-1788)
I 1475 anmodede Christian I pave Sixtus IV om tilladelse til at oprette et universitet i Danmark. Bullen med tilladelsen blev udstedt den 19. juni 1475 som et resultat af dronning Dorotheas besøg i Rom måneden før.
Selve den formelle stiftelse af universitetet skete ved et kongebrev af 4. oktober 1478, hvor kongen udpegede magister Peder Albertsen til universitetets vicekansler, og pålagde ham at samle et antal lærde og med dem begynde universitetets virksomhed. Den nye institution blev taget under kongelig beskyttelse og fik tillagt et vidtgående selvstyre, idet det udtrykkeligt blev fremhævet, at universitetet hverken var underlagt de kongelige embedsmænd eller det normale retsvæsen. Denne status som autonom institution er aldrig blevet formelt ophævet, tværtimod går den igen i alle de fundatser med videre, der siden har reguleret universitetets forhold.
Den formelle grundlæggelse af Københavns Universitet fandt sted ved en højtidelighed i Vor Frue Kirke den 1. juni 1479, en dag der siden har været fejret som universitetets officielle fødselsdag.
Det nye universitet lignede med sine fire traditionelle fakulteter (Teologi, Jura, Medicin og Filosofi) de fleste andre senmiddelalderlige universiteter. Det blev organiseret med universitetet i Köln, grundlagt i 1388, som det umiddelbare forbillede. Dette mønster, med en stærk tysk indflydelse på den måde, hvorpå man har indrettet akademiske forhold i Danmark, har været karakteristisk frem til efter Anden Verdenskrig.
Københavns Universitet var i 1479, som middelalderens andre universiteter, en del af den universelle katolske kirke. Derfor var det ærkebiskop Jens Brostrup, der 28. november 1479 stadfæstede det nye universitets statutter, ligesom det var Roskildes biskop, i hvis stift det nye universitet fik til huse, der frem til reformationen var universitetets kansler.
Økonomi og selvstyre
Universitetets økonomi var frem til slutningen af det 19. århundrede baseret på dets egne indtægter. Disse kom i ældre tid fra et stort jordegods og andre indkomstkilder, først og fremmest skænket efter reformationen i 1536 af kongerne Christian III, Frederik II og Christian IV. Dette gjorde universitetet til en velhavende institution, der indtil slutningen af det 19. århundrede i det store og hele var i stand til at dække sine udgifter af egne midler. Noget der gjorde, at universitetet i ældre tid i høj grad havde et reelt selvstyre, hvor ydre magter – det være sig før reformationen kirken, eller statsmagten efter reformationen – kun ret i beskedent omfang blandede sig i universitetets indre anliggender.
Fra begyndelsen af det 20. århundrede har videnskabens rivende udvikling, med den deraf følgende stigning i udgifterne, ført til, at staten, i Danmark som i udlandet, i stadig højere grad har overtaget det økonomiske ansvar for universiteterne. En konsekvens heraf har været, at disse i stigende grad er blevet underlagt en direkte og stadig mere detaljeret statslig økonomisk styring.
Dette har dog ikke ført til et opgør med selve konceptet om universiteterne som selvstændige institutioner. Således kan man tolke tankerne i universitetsloven fra 2003 om selvejende universiteter under handlekraftige ledelser som udtryk for et ønske om at styrke universiteternes historiske rolle som autonome institutioner under et eksternt tilsyn.
Den styreform, der har kendetegnet universitetet frem til vor tid, hvor det er rektor og bestyrelsen, der sammen har ansvaret for ledelsen af hele universitetet, mens dekaner og fakulteter har ansvaret for undervisningen og forskningen, ændrede sig ikke grundlæggende fra 1479 til 1970. Men sammensætningen af de forskellige organer, valgmåder og forretningsordener, således som det kommer til udtryk i universitetsstatutterne fra 1479, universitetsfundatserne 1539, 1732 og 1778 og den kgl. anordning om valg af rektorat mv. fra 1936, er naturligvis blevet justeret gennem tiderne.
En akademisk republik
Organisatorisk var det universitet, man møder i statutterne fra 1479, meget anderledes fra nutidens. Universitetet var en akademisk republik – en stat i staten. De akademiske borgere valgte universitetets ledelse, nemlig rektor og en dekan for hvert fakultet. Rektor, dekaner og professorerne udgjorde en særlig rådsforsamling, der fra midten af det 16. århundrede blev benævnt Konsistorium. Universitetet havde egne love, domstole og fængselsvæsen. Universitetsbefolkningen skulle bære en særlig gejstlig dragt, uden unødig pragt, og måtte ikke være bevæbnet.
Universitetets opgave var akademiske studier, først og fremmest teologiske. Jura, medicin og de filosofiske videnskaber var repræsenteret på Københavns Universitet fra starten, men spillede længe en mindre fremtrædende rolle. Universitetet kunne tildele de traditionelle internationalt anerkendte akademiske grader (doktor, magister, licentiat og bakkalaur).
Hele universitetets virksomhed foregik på latin, hvilket muliggjorde en vandring fra universitet til universitet i Europa. Noget der skete i vid udstrækning, og som var med til understrege de europæiske universiteters status som internationale organisationer.
Københavns Universitet var i den katolske tid først og fremmest orienteret ud af Danmark, mens dets indflydelse på det danske samfund var relativt beskeden.
Reformationen i 1536 betød, som det nærmere vil blive belyst i det følgende, en radikal ændring af universitetets placering og rolle i det danske samfund. Men organisatorisk forblev universitetet en akademisk republik efter det middelalderlige mønster langt frem i tiden. Således var det først i 1771, at det mistede sin egen jurisdiktion. Og først i anden halvdel af det 20. århundrede forsvandt de sidste træk at det, der med et udtryk fra 1960'erne er blevet kaldt ”professorvældet”.