Professorernes universitet (1479-1788)

Fra starten i 1479 var universitetet blevet grundlagt med fakulteter i teologi, jura, medicin og de filosofiske discipliner. Men da der ikke var egentlige faste lærestole, og da kilderne er sparsomme, er det ikke muligt at sige noget mere konkret om undervisningen. Undtagen at den sandsynligvis er foregået efter samme retningslinjer som i Köln og andre tyske universiteter.

Et vigtigt element i reorganiseringen efter reformationen var, at universitetet nu fik et antal faste professorater; samtidig blev der fastsat en række bestemmelser for undervisningen.

De tre teologiske professorer dækkede de traditionelle teologiske discipliner, først og fremmest bibelstudier, dogmatik osv. En af dem, Niels Hemmingsen (1513-1600), opnåede international berømmelse, og hans værker blev oversat til en række sprog.

Den enlige juridiske professor beskæftigede sig hovedsagelig med natur-, romersk og kanonisk ret, medens uddannelse i og studier af dansk ret frem til 1736 foregik uden for universitetet i en form for mesterlære i administration og retsvæsen.

De to medicinske professorer var frem til efter 1600 især beskæftiget med studiet af antikkens autoriteter som Hippokrates og Galen. Efter 1600 blev egentlig empirisk baseret forskning introduceret på Københavns Universitet, hvor navne som Thomas Bartholin (1616-1680), der opdagede lymfekarsystemet, og Niels Stensen (1638-1686), der opdagede ørespytkirtlens udmunding i mundhulen samt redegjorde for tårevæskens dannelse og funktion, opnåede international berømmelse.

Det Filosofiske Fakultet, der efter datidens opfattelse var det lavest rangerede og hvor professorernes løn var lavest, fungerede som forskole til de andre fakulteter, særligt Det Teologiske. Fakultetets 7-9 professorer underviste i latin, græsk, hebraisk, filosofi, retorik og etik, der alle fungerede som hjælpefag til teologi. Endvidere undervistes der i matematik, ligesom astronomi - og astrologi - spillede en betydelig rolle. I denne forbindelse vil det være rimeligt at nævne det 16. århundredes største danske videnskabsmand, astronomen Tyge (Tycho) Brahe. Hans ry skyldes især hans publikation i 1573 De nova stella (Om den nye stjerne): I en tid, hvor man troede at himmel og jord var skabt én gang for alle, evigt og uforanderligt, var dette en sensation, der kom til at indvarsle en helt ny videnskabelig erkendelse.

Fra tid til anden blev nye discipliner (poesi, fransk sprog og litteratur, metafysik m.fl.) introduceret, men den eneste varige nyskabelse var professoratet i historie og geografi fra 1636.

Adskillige af professorerne ved Det Filosofiske Fakultet var fremragende videnskabsmænd og kulturpersonligheder, og enkelte opnåede international anerkendelse. Således Ole Rømer (1644-1710), kendt for opdagelsen af lysets hastighed, og den ovennævnte Niels Stensen for de studier, der førte til grundlæggelsen af geologi som videnskab. Eller Ludvig Holberg (1684-1754), der var professor i filosofi og historie m.v. fra 1714 til sin død, og som har sat sit uudslettelige præg på dansk og norsk sprog, litteratur og kultur.