Ruiner bliver til moderne bygninger (1788-1900)

Englændernes bombardement i 1807 havde efterladt universitetet i bogstavelig talt rygende ruiner. Det 19. århundrede blev derfor også en periode, hvor et nyt universitet, forsynet med moderne bygninger, rejste sig af asken som Fugl Fønix. Frue Plads blev anlagt på den kirkegård, som til da havde ligget mellem kirken og Universitetet. Den nye hovedbygning, der blev taget i brug i 1836, og blev fulgt af et nyt Universitetsbibliotek i 1861 og et nyt Zoologisk Museum i 1871.

Hermed var mulighederne på Universitetsfirkanten udtømte, og Universitetets videre udbygning måtte ske andre steder. Allerede i 1842 havde Universitetet overtaget Kirurgisk Akademi fra 1785 og med dette som kerne blev der i anden halvdel af århundredet gennem opkøb af de tilgrænsende ejendomme etableret en lille medicinsk campus i Bredgade.

Astronomisk observatorium
Det nye astronomiske observatorium fra 1861. Observatoriet ligger i dag hjørnet af Botanisk Have.

Sløjfningen af Københavns befæstning i 1850´erne blev af stor betydning for Universitetet, der overtog stykket mellem Gothersgade og Sølvgade. Her blev der i 1861 opført et nyt astronomisk observatorium, og i de følgende år blev der på¥ voldterrænet dels anlagt en ny Botanisk Have, dels som randbebyggelser opført botaniske og geologiske museer og institutter.

I 1890 blev der på hjørnet af Sølvgade og Ø. Farimagsgade taget en ny Polyteknisk Læreanstalt i brug. Den afløste den meget beskedne læreanstalt, der efter 1829 var blevet etableret mellem Skt. Pedersstræde og Studiestræde bag bispegården, bestående først af to af Universitetets gamle professorresidenser, dels af en nybygning i Skt. Pedersstræde fra 1860-61. Læreanstaltens bygninger bag bispegården blev i 1890 overtaget af Universitetet. Og som den absolut sidste udvidelse i det indre København, blev der i 1915 bygget en stor bygning, kendt som Studiegården, på den bagerste del af bispegårdens meget store grund. Den rummede arbejdspladser til studenterne, de såkaldte laboratorier, og lærerne.

Det 19. århundredes byggeprogram blev i årene 1903-06 afsluttet med bygningen af et nyt Rigshospital, som blev placeret på Nørre Fælled ved Blegdamsvej nord for søerne. Det kom herved til tillige at pege fremad, idet det blev her, størsteparten af Københavns Universitets fysiske udbygning i det 20. århundrede kom til at finde sted.