Samarbejde og fusioner
Københavns Universitet har siden grundlæggelsen måttet forholde sig til de særlige samfundsmæssige krav til dets virke. Det kom f.eks. til at betyde, at en væsentlig opgave efter reformationen i 1536 blev uddannelsen af præster til den danske luthersk-evangeliske kirke. Fra slutningen af det 18. århundrede udviklede denne opgave sig til uddannelsen af den danske stats embedsmænd i bredere forstand. For at muliggøre dette gennemgik Københavns Universitet fra begyndelsen af det 19. århundrede en modernisering, hvor fagkredsen løbende blev udvidet gennem oprettelse af lærestole, ikke mindst i de mange nye natur- og lægevidenskabelige fag.
Fachhochschulen
Samfundets behov for andre typer højere uddannelser end de fra middelalderen nedarvede akademiske, blev længe varetaget uden for universitetet. Danske videregående uddannelser var fra slutningen af det 18. århundrede organiseret efter tysk forbillede, hvor man skelnede mellem egentlige universiteter, og det man på tysk kalder Fachhochschulen.
Groft sagt beskæftigede universiteterne sig med den rene videnskab, og universitetsundervisningen tog, efter de ideer, der i begyndelsen af det 19. århundrede var blevet formuleret af brødrene Humboldt i Tyskland, afsæt i den videnskabelige virksomhed. Fachhochschulen – der findes ikke et helt dækkende dansk udtryk herfor – havde tilsvarende ansvaret for det stadig voksende antal uddannelser, der mere direkte tog sigte mod at dække samfundets konkrete behov.
Gode eksempler på sådanne danske Fachhochschulen er Veterinærskolen fra 1783 og Kirurgisk Akademi fra 1785, der begge især tog sigte på at afhjælpe militære behov. Endvidere Polyteknisk Læreanstalt fra 1829, der til efter 1960 levede i nær symbiose med Københavns Universitet, Den kongelige Veterinær- og Landbohøjskole fra 1856-58 eller Danmarks Farmaceutiske Højskole fra 1892. Fra det 20. århundrede kan nævnes tandlægeskolerne i København og Århus, samt Handelshøjskolerne.
Det faglige niveau på disse institutioner kunne være på universitetsniveau, og har jo længere tid, der er gået, i stadig stigende grad nærmet sig dette, men det var fra starten ikke nødvendigvis tilfældet eller meningen. Og selvom den videnskabelige standard kunne være høj, afspejledes dette ikke nødvendigvis i uddannelserne, der længe flere steder var markant kortere end universiteternes.
Københavns Universitet har altid forholdt sig til og samarbejdet med disse institutioner. I en række tilfælde er det endt med, at nogle af dem er blevet lagt sammen med universitetet.
Sammenlægninger
Den første sammenlægning skete allerede i 1842, hvor det i 1785 oprettede Kirurgisk Akademi blev lagt sammen med universitetets medicinske fakultet til Det Lægevidenskabelige Fakultet.
I årtierne før og efter år 2000 er Københavns Universitet, som et udtryk for et markant ønske i det danske politiske system om en styrkelse af den danske universitetsverden, blevet lagt sammen med flere mindre universiteter.
Det har været opfattelsen at større enheder er at foretrække, også når talen er om universiteter, fordi alt for små og fagligt snævre miljøer kan have svært ved at leve op til de krav, den stadige faglige udvikling stiller.
Synspunktet kom stærkt til orde, da Videnskabsministeriet i 2006-07 tog initiativ til den store universitetsfusion, der blev gennemført på de danske universiteter og forskningsinstitutioner.
Fusionsprocessen var for Københavns Universitets vedkommende begyndt allerede, da Københavns Tandlægeskole i 1990-92 blev lagt ind under universitetets lægevidenskabelige fakultet som Odontologisk Institut.
Få år senere, i 1997, blev Danmarks Højskole for Legemsøvelser lagt ind under universitetets naturvidenskabelige fakultet som Institut for Idræt.
Ved den store universitetsfusion i 2006-2007 indtrådte Den kongelige Veterinær og Landbohøjskole – i daglig tale Landbohøjskolen eller KVL – og DFU – Danmarks Farmaceutiske Universitet, som to nye fakulteter i Københavns Universitet. Der blev i denne forbindelse udtrykt forhåbning om, at der herved ville være skabt mulighed for en yderligere styrkelse af det i forvejen meget stærke biovidenskabelige (Life Science) forskningsmiljø ved Københavns Universitet.
Københavns Universet har samarbejdspartnere over hele kloden. Takket være Grønlands status som en del af Rigsfællesskabet har Københavns Universitet i århundreder haft en fremtrædende rolle i det internationale samarbejde omkring udforskningen af Arktis.
Og et meget konkret samarbejde startede, da Københavns Universitet i 1997 sammen med de andre videregående uddannelsesinstitutioner i hovedstadsområdet og Skåne stiftede Øresundsuniversitetet, der er rammen omkring et stadig mere integreret samarbejde omkring forskning og uddannelser mellem universiteterne i Øresundsregionen.
Københavns Universitet deltager aktivt i de mange forsknings- og uddannelsesprogrammer under Nordisk Ministerråd og EU og er medlem af en række internationale alliancer af forskningsuniversiteter.