Museumsbygningen
Universitetets naturvidenskabelige museer og samlinger led i midten af 1800-tallet af stor pladsmangel, og deres spredte lokaliteter var uhensigtsmæssige.
Konsistorium nedsatte derfor i 1848 en kommission, der skulle komme med forslag til afhjælpning af problemerne. For de zoologiske samlingers vedkommende måtte der yderligere to kommissioner til, inden det i 1862 blev tiltrådt af Rigsdagen at opføre et nyt zoologisk museum, hvormed også Den Kongelige Naturhistoriske Samling blev lagt ind under universitetet. Grunden i Krystalgade havde længe været reserveret til det nye museum, der blev opført 1864-70 og officielt indviet af Kong Christian 9. den 2. november 1870.
Bygningen og samlingerne
Museets indretning og virke blev i særlig grad præget af professor i zoologi Japetus Steenstrup (1813-1897). Det gælder blandt andet den måde, samlingerne var arrangeret på. På første etage fandtes de højere hvirveldyr (pattedyr, fugle, krybdyr og padder), i stueetagen de lavere hvirvelløse dyr (for eksempel bløddyr) og fisk. Den mellemliggende mezzaninetage rummede leddyr (insekter og krebsdyr m.v.) samt arbejdsværelser, bibliotek og auditorium. Bag de falske vinduer ud mod museumshallen øverst oppe var der loftsrum.
Den pompøse midterhal stod oprindelig tom, men blev efterhånden fyldt med blandt andet skeletter af store afrikanske landpattedyr som elefanter og giraffer og uddøde sydamerikanske pattedyr som kæmpedovendyr og skjolddyr.
Museet er tegnet af arkitekt Christian Hansen, der i årene omkring 1860 havde stået for byggeriet af Kommunehospitalet og det astronomiske observatorium på Østervold. Bygningen var et meget moderne museumsbyggeri, da den blev indviet i 1870, og det er den første bygning, der blev opført i Danmark med det formål at huse et museum. Med sit midterhalsprincip anses bygningen desuden for at have tjent som forbillede for naturhistoriske museer i bl.a. Hamburg, Leiden og Paris.
I en tid uden elektrisk lys havde den elegante glasoverdækning af den indre hal, foruden udsmykningsværdien, til formål at skaffe så meget dagslys, og dermed udstillingsareal, i huset som muligt.
Museet på Nørre Fælled
Museets samlinger voksede hurtigt, og der opstod igen pladsmangel. Samlingen af hvalskeletter blev for eksempel stuvet sammen i kælderen under universitetets festsal. I løbet af 1900-tallets første halvdel var der jævnligt diskussioner om et nyt museumsbyggeri. I begyndelsen af 1960'erne gik byggeriet af et nyt museum på Nørre Fælled i gang, tegnet af kongelig bygningsinspektør Preben Hansen, og museet i Krystalgade havde sidste åbningsdag den 31. oktober 1966. På 100-årsdagen for indvielsen af det gamle museum, den 2. november 1970, kunne universitetet åbne det nye Zoologisk Museum på hjørnet af Jagtvej og Universitetsparken (på universitetets nuværende Nørre Campus) for publikum.
Da zoologerne rømmede bygningen i Krystalgade i midten af 1960'erne, var dens skæbne uvis. Den kunne som mindre end 100 år gammel ikke fredes, og mange havde i 1960'erne kun ringe interesse for bygninger fra anden halvdel af det 19. århundrede, som man opfattede som historiske pasticher uden arkitektonisk værdi.
Dette, og universitetets vokseværk, førte til forslag om at rive bygningen ned og erstatte den med et moderne kontorbyggeri. Det blev dog ikke til noget, og efter 1970 blev bygningen først fredet og i 1982-84 istandsat til brug for universitetets administration. I maj 2022 flyttede rektors kontor med Rektorsekretariatet ind i Museumsbygningens stueetage efter at have været placeret i Kommunitetsbygningen siden 1921. I forbindelse med flytningen blev der indrettet en reception i bygningen med indgang fra Krystalgade.
Nyt museum på vej
Zoologisk Museum på Nørre Campus lukkede 23. oktober 2022 efter 52 år på adressen og efter længe at have været udtjent. Et nyt naturhistorisk museum er under opførelse i Botanisk Have – i hjørnet ved Sølvtorvet – og forventes åbnet for publikum i 2025.