Corpora
Efter reformationen hvilede universitetets økonomi på det betydelige jordegods, som især kongerne Christian 3. og Frederik 2. havde skænket det. Kernen heri var først Knardrup Kloster i Nordsjælland, som universitetet fik i 1537. Efter Frederik 2.s ønske blev Knardrup i 1561 ombyttet med Skt. Clara Kloster i Roskilde. Målt tønde hartkorn for tønde hartkorn led universitetet ikke tab ved mageskiftet, men Knardrup Klosters gods lå langt mere samlet og velbeliggende i forhold til universitetet end Skt. Clara Klosters, der lå spredt ud over hele Sjælland.
Kortet viser delingen af en mose i 1602 mellem ejeren af herregården Kongsdal i Undløse. Kortet ligger i universitetets arkiv i Rigsarkivet og er et af de ældste eksempler på kartografiske signaturer i Danmark.
En anden kerne i universitetsgodset kom i 1571, da professorerne hver fik et stort præbende ved Roskilde Domkapitel, formelt blev de medlemmer af kapitlet, men skulle dog ikke residere der.
I begyndelsen af 1600-tallet havde de 15 daværende professorer delt universitetsgodset imellem sig i 15 dele – kaldet procuratorier – et til hver. Den enkelte professors procuratorie udgjorde sammen med hans præbende i Roskilde hans corpus, og hver professor administrerede suverænt sit corpus og oppebar dets indtægter.
Ulemper ved systemet
I løbet af 1700-tallet blev ulemperne ved dette lønningssystem stadig tydeligere. Først og fremmest ved at systemet i praksis umuliggjorde en udvidelse af antallet af professorer. De gunstige landbrugskonjunkturer i 1700-tallet betød stigende indtægter fra godset, hvilket gjorde de enkelte professorer ekstremt vellønnede, men fremgangen kom ikke universitetet som sådan til gode.
Danske bønder skulle før landboreformerne i 1788 betale deres fæsteafgift eller landgilde og gøre hoveriarbejde på godsejerens jord. Landgilden, men ikke hoveriet, var i princippet fastlagt én gang for alle. Skulle en godsejer derfor forøge udbyttet af sin jord, måtte det ske gennem en forøgelse af hoveriet, hvilket præcis var det, man så i det 18. århundrede og som i sidste instans var en af de udløsende faktorer bag landboreformerne.
Dette gjorde corpora-systemet fordelagtigt både for universitetets bønder, der ikke skulle yde hoveri, og for professorerne. Begge grupper gjorde da også, hvad de kunne for at modsætte sig landboreformerne.
Ulemperne ved corpora-systemet kom tydeligt frem i 1788, hvor kongen i første omgang måtte træde til og udrede lønnen til de nye professorater, der blev oprettet med den nye fundats. At universitetets generelle udgifter fra slutningen af det 18. århundrede var i stigning, gjorde kun problemet værre.
Afvikling og nyt system
I 1796 blev det derfor bestemt, at corpora-systemet skulle afvikles, efterhånden som de enkelte corpora blev ledige. Processen var tilendebragt i 1830, hvorefter universitetets økonomi i de følgende år blev gennemgribende reorganiseret.
De fremtidige professorlønninger blev i 1836 fastlagt i et såkaldt normalreglement, der blev revideret i 1844. Herefter blev universitetets professorater opdelt i et antal lønklasser, der i 1836 varierede fra 600 til 2.000 rigsdaler årligt; beløb, der løbende blev opreguleret igennem det 19. århundrede. Opstigning til en højere lønklasse skete ved ledighed. Da corpora-systemet var baseret på naturalieindtægter, er professorlønningerne før og efter 1836 kun vanskeligt sammenlignelige, men der er ingen tvivl om, at i forhold til indkomsten fra de enkelte corpora var der tale om en markant lønnedgang, måske mere end en halvering. Det er i hvert fald slående, at mens universitetet før 1788 kun var i stand til at lønne 15 professorer af egne midler, var antallet 32 professorer i 1836 og 42 i 1844.