Rektorer 1537-1850

Efter reformationen og universitetets genoprettelse i 1537 blev de oprindelige halvårlige rektorater genindført, men efter få år gik man atter over til helårlige rektorater. Rektoratet var forbundet med såvel prestige som visse indtægter, og de fleste af professorerne ønskede at kunne beklæde det. Derfor udviklede sig den praksis, at uanset at rektor formelt set skulle vælges, så gik rektoratet på skift mellem fakulteterne og inden for disse igen efter særlige regler. En professor kunne derfor beklæde rektoratet flere gange.

Det formelle rektorvalg skete i Konsistorium, en forsamling af samtlige faste universitetslærere – antallet af disse kom først i slutningen af det 18.- århundrede op over 20 – der fra 1563 sammen med rektor fungerede som universitetets øverste ledelse.

Rektorvalget fandt i tiden efter reformationen sted på forskellige tidspunkter af året, indtil man i 1837 besluttede at lade rektorskiftet ske hvert år til reformationsfesten 31. oktober, den ene af universitetets årlige fester (den anden blev holdt på kongens fødselsdag).